本系擁有實驗室共計八間，包含：能力認證E化中心、嵌入式系統能力認證中心、長期照顧智慧物聯網實驗室、智慧電子三創專題實驗室、IC設計實驗室、系統雛形設計實驗室、SoCFPGA&OpenCL實驗室、生醫電子應用設計實驗室。各實驗室詳細資料如下，其中嵌入式系統能力認證中心空間與設備是由「臺灣嵌入式暨單晶片系統發展協會(TEMI)」審核認定之「單晶片能力認證乙丙級能力認證考場評鑑中心」，提供參與義隆盃、盛群盃等相關單晶片及嵌入式競賽與輔導學生考取證照。